Pochybnosti provázející Thorpovo vydání z roku 1609 vzbuzuje jak nezvyklý titul, tak i podivná dedikace. Mnozí kritikové navíc poukazují na řadu technických nedostatků a tiskových chyb, které toto vydání obsahuje. Dlouho proto přetrvával názor, že Thorpovo vydání je pirátské a že autor neměl vliv ani na složení svazku, ani na řazení a číslování jednotlivých básní. Kniha se tak stala jednou z největších záhad světového písemnictví, kterou se mnoho generací kritiků a komentátorů snaží rozlousknout. Životopisně orientovaní kritici pátrají po identitě pana W. H., dohadují se, kdo byla „černá dáma“ či básnický rival a jaký vztah měli k Shakespearovi. Numerologicky orientovaní kritici interpretují sonety ve shodě s čísly, jimiž jsou označeny. Řada vydavatelů a komentátorů navíc z uměleckých důvodů zpochybňuje Shakespearovo autorství básně Milenčin nářek a do svých vydání Sonetů ji ani nezařazují.

Pohled na Shakespearovy sonety se začíná proměňovat po roce 1986, kdy péčí Johna Kerrigana vycházejí v edici New Penguin Shakespeare Sonety společně s Milenčiným nářkem jako integrální součástí svazku. Textologické analýzy celkem věrohodně prokázaly, že autorem této básně je vskutku Shakespeare. Další kritická vydání (The Arden Shakespeare, The Oxford Shakespeare) v tomto duchu na Kerriganovo vydání navazují, navíc vyvracejí tradovaný názor, že Thorpovo vydání z roku 1609 bylo vydáním pirátským. Zdá se, že koncepce sbírky a řazení sonetů je dílem autora. Technické provedení včetně dedikace padá pak na vrub nakladateli, který knihu vydal v době, kdy byl Shakespeare mimo Londýn.

Tak jako Shakespeare ve svých dramatech dokázal staré formy a témata přetvořit v živoucí objevná díla, stejného zázraku se mu podařilo docílit v žánru lyrické poezie. Úzce vymezený prostor čtrnácti veršů sonetu, který jeho předchůdci i současníci naplňovali umně vystavěnými popisy, kázáními či chvalozpěvy, Shakespeare prohloubil, zdramatizoval, nabil nesmírným množstvím pocitů, nálad a protikladných vnitřních prožitků. Přestože zhusta využívá konvenčního poetického materiálu své doby – častými „hrdiny“ jeho sonetů jsou čas, láska, růže, hvězdy, oči, srdce, den, noc, světlo, tma, poezie aj. –, uvádí je do překvapivých souvislostí, konfrontuje je se soudobým světem financí, politiky, přírody či s filozofickými a náboženskými koncepty. Nebývale široký je přitom jeho výrazový rejstřík. Úchvatné poetické obrazy se v Sonetech střídají s pragmatickými glosami, vzletná abstrakta přecházejí ve výrazivo jadrné až obhroublé, zanícená vyznání se střídají s pocity nejhlubší skepse a deprese, patos se zlomí v ironii a humor, mýtus v lechtivou lascivnost. Navzdory této tematické i výrazové pestrosti má však sbírka soudržnost a pevný tvar. Jednotlivá témata se zrcadlí, proměňují, nahlížejí z nejrůznějších hledisek. Chceme-li, můžeme Sonety číst jako příběh básníka milujícího mladšího, snad urozeného přítele a současně i jistou „černou dámu“ pochybné pověsti, oba jsou mu spolu nevěrní a navíc se do jejich milostného trojúhelníku zaplete i básníkův konkurent. Omezit se při čtení sbírky na tento příběh by ovšem znamenalo nesmírné ochuzení. Jen u minima milostných sonetů v části věnované příteli autor vyjevuje pohlaví adresáta. Většina sonetů rod zamlčuje a odehrává se pouze ve vztahu „já“ a „ty“. Jejich hlavním hrdinou pak spíše než obtížně identifikovatelná, spílaná i opěvovaná milovaná osoba je básník sám a jeho rozjitřené nitro, které k nám ovšem promlouvá důvěrně známým hlasem našich vášní, našich pochybností, sebelásky i sebemrskačství. Shakespeare, dramatizátor našich emocí, tu s námi hraje mistrovskou hru, při níž nedořečenost, tajemnost básní nutí čtenáře aktivně dotvářet jeho poezii na podkladě vlastních emocí a vlastních zkušeností.